Если амортизаторы заводские, то они сами по себе не очень жесткие. Мягче их делать смысла нет, иначе машина плавать будет в поворотах. Жесткость, обычно, появляется при износе амортизаторов. Заводские на RAV4 ставят либо Kayaba либо Tokico. Kayaba не отличаются мягкостью даже в базе. Tokico помягче их и ставьте, да и по цене они демократичнее. Вообще, желательно посмотреть на рычаги задние (продольные и поперечные), возможно, дело и в них тоже, точнее в сайлент блоках и втулках. Когда они становятся дубовые либо трескаются, появляются некоторые биения, особенно на неровностях.
