Была такая же проблема на е39 с двигателем м52, маховик двухмассовый. Когда купил машину, передачи туго включались, создавалось ощущение, что сцепление не до конца выжимается. Заменил полностью сцепление, вместе с маховиком, при разборке обратил внимание, что шток старого выжимного цилиндра удлинён путём приваривания стержня длиной около 1 см и стёрся упорный пластмассовый палец. Он был стёрт почти полностью, даже пружинка, которая стоит на нём и придерживает выжимной рычаг, развалилась. В итоге было заменено: маховик, корзинка, диск, выжимной подшипник, упорный палец, рабочий цилиндр сцепления. После замены педаль сцепления стала работать как надо. И кстати рабочий цилиндр нужно прокачивать строго по мануалу, иначе результата будет ноль, проверено на собственном горьком опыте!
