Плохой разгон   

Нужен нормальный диагност , так то может чё угодно быть , дроссель , свечи , дмрв , бенз и т.д.

для начала свечи замените. на нашем топливе 90км уже много

boffka87 135 тыс машина прошла свечи не менял еще, прекрасное состояние.

Нужно померить давление топлива.При замене фильтра иногда не правильно устанавливают уплотнительные кольца(идут в к-те ориг. фильтра) из-за этого падает давление топлива. Фильтр оригинальный ставили?А также лучше сделать тест скрипт Рх на осциллографе Постоловского. Пропуски зажигания по цилиндрам проверяются с помощью сканера, на основе их анализа принимается решение по замене. Затягивать с заменой свечей не рекомендуем -это плохо сказывается на катушках зажигания.

Если есть гул во время поднятия оборотов,то фильтр воздушный хреновый

Поменял свечи, проблема осталась. Может в коробке масло поменять, менял в 45, или не поможет или коробка вообще не причём?

Советую менять масло в коробке даже ранее указанного в мануалах. Масло дешевле, чем ремонт коробки.