При резком ускорении вибрация не ощущается, но после перепрограммирования машина едет по-другому, переход со ступени на ступень чуть медленнее. В Вашем случае однозначно нельзя сказать, в чем причина: может быть проблема в гидротрансформаторе, может быть в программном обеспечении, а может быть вибрация вообще с работой АКПП не связана (что-нибудь с подвеской или подушками силового агрегата например). Я бы обратился к дилеру с вопросом, попадает ли Ваш а/м под действие сервисной кампании, по поводу вибрации можно у того же дилера попросить тест-драйв Камри и попробовать проехать в таком же режиме. А затем сравнить и далее принимать решение, что делать. Удачи!